17世紀末のオランダでアントニ・ファン・レーウェンフックが手製の顕微鏡を用いて、
微生物を発見した。彼はビールもその観察の対象としており、そこに顆粒を発見したことを
記録している。南アフリカランドおそらくこれが酵母の発見とされるが、この時点ではそれと発酵の関連は考慮されていない。
発酵と微生物の関連については、古くは1818年に、Erxlebenがパンの発酵が微生物によるとの
説をなしたが、痛風ほとんど取り上げられなかった。1830年代には、数人の学者が「酵素の生命力説」
を主張し、酵母の活動によって、糖分がアルコールと二酸化炭素になると述べた。これは当時の
化学者を大いに刺激し、ダンディハウスリービッヒらはこれを否定、化学物質の変化は単純な化学反応であり、
そこに生物の関わる余地はないと主張した。彼らによると、酵母はそのような化学変化の結果として
生じるものにすぎないという。
これらの論争に決着をつけたのが育毛シャンプーパスツールである。彼は酵母を様々な条件で培養し、酵母の発育の
結果としてアルコールを生じること、ただし酸素が利用できる条件ではアルコールは発生せず、
酵母の成長はその方がよいことなどを発見し、お見合いアルコール発酵は酸素呼吸の代用として酵母が行うもの
であること、顔のたるみそれらが酵母が生活のためのエネルギーを得るために行う反応であると述べた(1876)。
これで一旦は収まったかに見えたが、1897年にブフナー兄弟は酵母を破砕した物質が、発酵を進める
能力があることに気がついた。そこから、酵母の内部にアルコール発酵を進める物質が存在すると考え、
この物質にチマーゼの名を与えた。そして、チマーゼこそが発酵の原因であり、酵母はそれを作る
ものではあるが、冷え性その過程そのものに生物は関与しない、との説を立てた。しかし、その後にこの
チマーゼによる発酵が通常のアルコール発酵のようにうまく進まないことが判明し、やはり酵母が
発酵を行うのだとの説に落ち着いた。現在では、チマーゼはプラセンタ注射多数の酵素の複合物質であると考えられている。

日本の大学教育における発酵学
日本の大学教育では、腸内洗浄工学部工業化学科もしくは農学部農芸化学科、もしくはそれらと類似する学科が
発酵学の教育を担っている。
かつては、山梨大学(発酵生産学科)、大阪大学(発酵工学科)、広島大学(醗酵工学科)のように
単独の学科が存在した大学もあった。最近では、発酵・微生物に特化した学科として、私立の別府大学
(大分県)にほくろ発酵食品学科ができている。されたグリコーゲンと骨格筋で合成されたそれとでは
分子量が数倍異なり、前者のほうが大きい。

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